政府投资项目重点审计内容主要包括以下几个方面：

1. 履行基本建设程序情况
审查项目建议书、可行性研究、初步设计、施工图设计、招投标、建设实施、竣工验收等程序是否符合规定，是否存在因决策失误和重复建设造成重大损失浪费等问题。

2. 投资控制和资金管理使用情况
审查项目建设资金到位和管理使用情况，是否存在挤占挪用、损失浪费等问题；检查资金是否按规定及时拨付，有无违法集资、收费等情形。

3. 项目建设管理情况
包括项目建设规模和标准是否符合批准的概算，调整投资概算或预算是否符合程序，总投资是否按批准的概算进行控制，是否存在擅自调整建设标准、扩大建设规模等问题。

4. 工程质量与安全情况
审查工程建设质量和安全管理制度的建立、健全和落实情况，揭露工程质量安全隐患。

5. 设备、物资和材料采购情况
审查设备、物资和材料采购是否按规定实行招标，招标过程中是否存在低价中标、暗箱操作等违法违规问题。

6. 土地利用和征地拆迁情况
审查征地拆迁资金拨付和管理使用情况，是否存在挤占、挪用、套取、截留等问题。

7. 环境保护情况
审查项目建设过程中采取的环境保护措施是否合理有效，分析项目建设对环境的影响。

8. 工程造价情况
审查已完成投资的真实性、合规性，是否存在虚假计量、设计变更不实和造价不合理等问题。

9. 投资绩效情况
评审项目的投资效益，包括经济效益、社会效益和环境效益，分析存在问题的原因，揭示投资管理体制、机制和制度方面的问题。

10. 政策执行和规划实施情况

审查项目建设是否符合国家宏观调控政策、相关产业政策，是否符合国家或地区发展规划。

11. 合同管理与工程变更情况
审查合同的订立、履行、变更是否合法，设计变更和现场签证是否按规定的程序进行，工程结算是否真实。

12. 竣工决算情况
审查竣工决算报表和说明书是否真实、合法，项目概算执行情况及差异原因分析。